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14/08/2015

Ces bactéries qui, peut-être, nous gouvernent…

la libre,momento,bien-être,nutrition,bactéries,intestin,microbioteLe séquençage de l’ADN nous ouvre les portes d’un nouveau monde : l’univers de notre flore bactérienne intestinale !
 
Dossier: Michèle Dryepondt, diététicienne-nutritionniste


VOILÀ DIX-SEPT ANS que se tiennent, à l’Institut Pasteur de Lille, les Entretiens de Nutrition. Cette année, c’est tout un univers qui y a été invité : celui des bactéries qui squattent nos intestins. Si, depuis des années, on nous dit de manger des fruits et des légumes, des céréales complètes pour leurs apports en fibres et de boire au moins 1,5 l d’eau par jour, c’est parce que l’on appréhendait une influence positive sur notre flore intestinale. Nous connaissions peu de ces bactéries parce qu’il est impossible de les cultiver et, donc, de les étudier.
 
Depuis une dizaine d’années, grâce aux nouvelles techniques d’analyse permettant le séquençage génétique, on a pu, à l’instar du génome humain, décrypter leur génome. Notre microbiote (ce que l’on appelait “flore intestinale”) pèse entre un et deux kilos, compte cent fois plus de gènes que notre propre génome et comporte cent mille milliards de bactéries, soit cent fois plus que le nombre de nos cellules. Voilà un imposant terrain de recherche qui s’offre à la science.
 
L’analyse de la composition du microbiote a permis de dégager l’existence de composantes récurrentes retrouvées chez tous les individus. Trois “grandes classes” bactériennes rassemblant la plupart de nos bactéries fécales ont pu être reconnues comme appartenant à tous. Notre unicité se démarque par la diversité de la répartition de ces “classes” mais on a toutefois pu montrer que 40 % des gènes bactériens d’un individu sont partagés avec au moins 50 % des personnes étudiées de par le monde.
 
L’intérêt d’une telle analyse est évidemment de mettre au jour les fonctions de ces différents micro-organismes afin de comprendre leur impact sur notre santé et le rôle qu’ils pourraient jouer dans l’apparition, voire la guérison de certaines maladies. Ainsi, on a déjà pu montrer qu’en présence de maladies inflammatoires (Crohn, rectocolite hémorragique…), le microbiote de l’hôte est modifié : certaines classes bactériennes sont plus présentes au détriment d’autres. Par exemple, des bactéries bénéfiques voient leur nombre diminuer lors de maladies inflammatoires en comparaison du profil bactérien d’une personne saine. Des recherches ont été menées sur des maladies auto-immunes (diabète de type 1, sclérose en plaque, lupus érythémateux) et plus particulièrement sur la polyarthrite rhumatoïde. Certains arguments plaident en faveur d’une implication du microbiote dans la maladie. Le microbiote de la personne atteinte est fort différent de celui de la personne saine. La muqueuse intestinale du malade présente une perméabilité permettant le passage de produits de dégradation bactérienne dans la circulation sanguine qui provoquent une inflammation. Et on a découvert, sur des modèles animaux, que des parois cellulaires de certaines espèces bactériennes composant le microbiote humain avaient un effet arthritogène.
 
Par ailleurs, le cancer colorectal est une cause importante de décès dans nos pays. Son lien formel avec l’hérédité reste encore imprécis et l’hypothèse de l’anomalie génétique constitutionnelle n’est affirmée que dans 1 à 5 % des cas. En revanche, la composition du microbiote pourrait être déterminante. On a pu mettre en évidence la différence entre le microbiote d’un individu sain et celui d’un malade pour lequel on conclut à une “dysbiose” (dysfonctionnement du microbiote).
 
En résumé, les maladies en rapport avec l’immunité ou le cancer sembleraient reliées à la composition de la flore intestinale. La poursuite des recherches nous montrera s’il pourra un jour être envisageable de soigner les maladies par modification de l’alimentation ou transfert de microbiote.
 
 
Microbiote obèse, moins performant
 
Différents facteurs concourent au développement de l’obésité : auprès de la génétique, l’hygiène alimentaire et l’exercice physique, coexistent des facteurs biologiques – hormonaux et neurologiques – qui se voient perturbés en cas d’obésité.
 
Ainsi, les dialogues entre certains organes – tissu gras/cerveau, intestin/intestin cerveau – sont moins efficaces et modifient la régulation de la prise alimentaire et la fabrication de tissu gras. L’obésité entraîne le développement du diabète de type 2 et expose aux maladies cardiovasculaires. Ce tableau s’accompagne aussi d’une inflammation diffuse à bas bruit.
 
L’ouverture vers la connaissance du microbiote a permis de montrer qu’il joue un rôle sans doute non négligeable dans la pathologie de l’obésité.
 
On a ainsi observé qu’en implantant le microbiote d’un jumeau obèse à une souris axénique (sans microbiote intestinal), celle-ci devenait non seulement obèse mais développait une stéatose hépatique (foie gras) et une inflammation à bas bruit. Alors que l’implantation de la flore du jumeau non obèse n’affectait pas la souris.
 
Cela signifie que la flore intestinale de l’obèse souffre d’un déséquilibre bactérien.
 
Très récemment, l’équipe de Patrice Cani, professeur au Louvain Drug Research Institute, qui travaille en collaboration avec l’équipe française de Karine Clément, professeur à l’Institute of Cardiometabolism and Nutrition, a mis en évidence qu’une présence élevée de la souche bactérienne Akkermansia muciniphila dans l’intestin était corrélée avec une meilleure santé de l’hôte.
 
Parallèlement, le microbiote des personnes obèses en contient moins. Mais lorsque la personne obèse suit un régime hypocalorique et perd du poids la souche est mieux représentée, et le diabète et les maladies cardiovasculaires s’améliorent !
 
Le microbiote doit désormais être considéré comme un organe à part entière entretenant des relations déterminantes avec nos autres organes, et dont la composition influe directement sur la qualité des interactions.
 
 
Prébiotiques ou l’influence possible de l’alimentation
 
Le terme “prébiotique” possède une définition établie par un consensus scientifique qui, en résumé, désigne comme “prébiotique” un composé non digestible qui, via sa métabolisation par les bactéries intestinales, va avoir un effet santé bénéfique pour l’hôte. Il s’agit, en gros, des fibres alimentaires et le lien avec l’alimentation s’établit.
 
Une comparaison du microbiote d’enfants africains, dont l’alimentation est riche en fibres végétales, et de celui d’enfants italiens, ayant une alimentation plus protéique et sucrée, a montré une différence dans les populations bactériennes de leurs intestins. Les souches prépondérantes dans le microbiote européen sont aussi celles qui sont reliées au risque de développement de cancer colorectal… mais on ne possède que peu d’études d’intervention chez l’homme pour avancer l’une ou l’autre relation alimentaire.
 
Dans son exposé aux Entretiens de Nutrition de Lille, Nathalie Delezenne, du Louvain Drug Research Institute de l’UCL, a montré que des études faites sur les animaux dans le cadre de la recherche sur l’obésité avaient révélé que l’administration de certains prébiotiques (fructanes et arabinoxylanes, contenus entre autre dans l’ail, les oignons, les artichauts ou les chicons) stimulaient la production d’hormones de la satiété, régulaient la glycémie et diminuaient l’inflammation de la masse grasse. Parallèlement, ces effets ont pu être corrélés à une augmentation de la présence de souches bactériennes spécifiques.
Autrement dit, cette modification du microbiote des souris étudiées est liée à l’amélioration de leur santé.
 
On sait aussi, sans pouvoir encore les définir précisément qu’il existe des interactions propres à certaines souches bactériennes. Ainsi, une augmentation de bifidobactéries est corrélée à une amélioration de l’inflammation et de la glycémie, Akkermansia muciniphila renforce la barrière intestinale, d’autres jouent un rôle anti-inflammatoire ou encore produisent des substances protectrices pour la muqueuse intestinale.
 
Un jour, nous pourrons sans doute redéfinir les critères de l’alimentation équilibrée en tenant compte des besoins de notre microbiote !
 
 
Ph.: Reporters

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